На сегодняшний день аэропорт «Иссык-Куль» обслуживает 23 рейса в неделю (6 внутренних, 17 международных).

Если раньше он работал практически только в летний сезон, то теперь самолеты летают в круглогодичном режиме 24/7 в Новосибирск, Москву, Санкт-Петербург, Екатеринбург, Ростов-на-Дону и другие города России, также в Алматы (Казахстан).

Начала летать на регулярной основе авиакомпания «Аэрофлот» по маршруту Москва—Тамчы—Москва 3 раза в неделю.