Согласно республиканскому бюджету на 2020-2022 годы, расходы Министерства сельского хозяйства, пищевой промышленности и мелиорации КР на 2020 год планируются в сумме 935,4 млн сомов, с уменьшением на 2 млрд 215,7 млн сомов или на 70,3% относительно утвержденного бюджета 2019 года и с уменьшением на 68,6% относительно фактических расходов 2018 года.

Как говорится в гражданском бюджете на 2020 год, значительное уменьшение бюджета Министерства сельского хозяйства, пищевой промышленности и мелиорации связано:

- с созданием Государственного агентства по водным ресурсам при правительстве на базе Департамента водного хозяйства Минсельхоза с соответствующими средствами в целях совершенствования управления водными ресурсами и водохозяйственным комплексом КР. Расходы Государственного агентства водных ресурсов (центральный аппарат, подведомственные и территориальные подразделения) на 2020 год предусмотрены в сумме 6 млрд 288,3 млн сомов;

- с передачей в установленном порядке Государственного предприятия «Государственный проектный институт по землеустройству «Кыргызгипрозем» Минсельхоза с соответствующим штатом работников, бюджетным финансированием и материально-технической базой в ведение вновь созданного Государственного агентства по земельным ресурсам, кадастру, геодезии и картографии при правительстве.

В 2020 году на цели субсидирования процентных ставок коммерческих банков запланированы бюджетные средства в общей сумме 600 млн сомов на реализацию третьей фазы проекта «ФСХ 6», на реализацию второй фазы проекта «ФСХ 7».