Накануне вечером таджикистанцы были выдворены из кыргызских сел, которые они до этого заняли, заявил журналистам полпред президента в Баткенской области Абдикарим Алимбаев.
По его словам, на местах работали пограничные подразделения КР.14 сентября таджикские военные обстреляли приграничную территорию Кыргызстана в пяти местах. После переговоров перестрелка прекратилась. 16 сентября Погранслужба КР заявила об обстреле приграничных территорий со стороны РТ, столкновения начались по всему периметру госрубежей в Баткенской области.
Ведомство назвало действия таджикских пограничников вероломной атакой. МИД Кыргызстана вручил ноту протеста Таджикистану, заявив о нарушении ранее достигнутых договоренностей. Силовые структуры КР сообщили, что таджикская сторона использует тяжелую технику, в том числе РСЗО "Град", с целью захвата кыргызской территории.
Глава ГКНБ Камчыбек Ташиев и его таджикский коллега Саймумин Ятимов договорились о прекращении огня по всей линии границы с 16:00 16 сентября. Были созданы соответствующие комиссии двух стран. Вечером Погранслужба КР сообщила, что военнослужащие РТ нарушили договоренности и открыли огонь.Ночью 17 сентября стало известно о гибели 24 кыргызстанцев в ходе конфликта.