По состоянию на 29 июля 2021 года в состав руководства Счетной палаты входят:
Председатель Счетной палаты - Акматов Алмаз Шаршембиевич,
Аудиторы Счетной палаты:
1. Арзыбаев Мукаш Кадырович,
2. Байгазаков Алимжан Топчубаевич,
3. Жоошбеков Заирбек Сулайманович,
4.Сатаев Зарылбек Апасович,
Аппарат Счетной палаты:
Осмонов Нурпаис Бабакулович - руководитель аппарата,
Территориальные подразделения:
Жумагулов Уран Аскарбекович - руководитель территориального подразделения по Иссык-Кульской и Нарынской областям,
Тажиев Алмазбек Самидинович - руководитель территориального подразделения по г. Бишкек, Чуйской и Таласской областям.