Наиболее оптимальной рабочей зоной Токтогульского водохранилища считается диапазон объемов воды, заключенные между отметками уровней воды в водохранилище 860 м и 900 м, при достижении которых объем воды в Токтогульском водохранилище будет составлять 9,7 млрд м3 и 19,5 млрд м3, соответственно. Об этом говорится в Правилах эксплуатации Токтогульского водохранилища, предложенных утвердить Государственным комитетом промышленности, энергетики и недропользования.

Как сообщается, в этой зоне достигается благоприятный режим работы гидроагрегатов, обеспечивается выработка электроэнергии установленной проектной мощностью, кавитационные процессы не столь существенны, а также удельные расходы воды на выработку 1 кВт.ч электроэнергии в приемлемых значениях. Токтогульская ГЭС должна работать в пределах данной зоны.

Работа гидроагрегатов Токтогульской ГЭС, при уровнях воды в водохранилище, ниже отметки 860,0м сопряжена существенным снижением их КПД, небольшой рост выработки электроэнергии приводит к существенному увеличению расхода воды и быстрой сработке водохранилища. В данной зоне не только снижается КПД турбогенераторов, но и становиться невозможным выработка электроэнергии проектной мощностью (недобор мощности ГА), а также заметно усиливаются кавитационные процессы с риском повреждения лопастей турбины.

Исходя из опыта эксплуатации не рекомендуется сработка Токтогульского водохранилища до проектной отметки уровня мертвого объема 837,0 м или же близких к нему отметок, так как: во-первых, происходит большой расход воды из водохранилища, несоразмерный с количеством, вырабатываемой электроэнергии и как вследствие этого быстрая сработка водохранилища; во-вторых, в трудности, в случае последующего маловодного периода (весенне-летнего), накопления достаточного объема воды в водохранилище для прохождения ОЗП не только в том году, но и последующие годы.

Соответствующими службами ОАО «Электрические станции» регулярно должны выполняться водно-энергетические расчеты, позволяющие делать прогнозы об объеме воды в Токтогульском водохранилище на предстоящих интервалах времени (месяц, квартал, год) и особенно в конце и начале осенне-зимнего периода (ОЗП). Эти прогнозы должны обновляться с учетом фактических значений водно-энергетических показателей Токтогульской ГЭС, по истечению каждого месяца, говорится в проекте правил.

В случаях, когда предварительные водно-энергетические расчеты показывают, на то, что на начало апрель месяца уровень воды в Токтогульском водохранилище окажется ниже отметки 860,0 м, ОАО «Электрические станции» заблаговременно должен письменно ставить в известность об этом, через соответствующие государственные органы Правительство Кыргызской Республики, с предложением принятия особых мер в предстоящие периоды.

Если по водно-энергетическим расчетам в весенне-летний период возможно гарантированное наполнение Токтогульского водохранилища в полном объеме, и в то же время ожидается приток излишних объемов воды, которые потребуют принятия особых мер, в противном случае становиться неизбежным сброс воды вхолостую через водосбросные сооружения. Об этом, ОАО «Электрические станции», заблаговременно должен письменно поставить в известность ОАО «Национальная энергетическая холдинговая компания» и Государственный комитет промышленности, энергетики и недропользования КР, для выработки соответствующих мер по уменьшению экономических потерь, такие как экспорт электроэнергии по приемлемым ценам, максимальное снижение выработки на тепловых станциях.